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진리와 자유정신을 체득한 기독교적 지도자의 양성을 위주로 하여, 기독교의 정신에 조화하고 대한민국의 교육이념에 의거하여 고등교육을 실시한다는 연세대학교 설립이념에 충실하며, 연세대학교 21세기 계획에 부합되는 생명공학과로서의 발전을 위해 다음과 같은 목표를 제시한다.

 

 

첫째
창의력과 자립정신을 개발하는 교육을 통해 생명공학분야를 선도해 나갈 전문가를 양성한다.
둘째
우수한 교수를 지속적으로 유치하고 시설을 보완하여 세계 생명공학의 중심에 서있는 생명공학과가 되도록 한다.
셋째
생명공학 산업의 발전을 주도하는 연구기관으로 도약하기 위하여 연구중심학과로 발전한다.